Urhea perustuu oppilaitosten, lajiliittojen, kaupunkien ja tukipalveluiden olemassa oleviin rakenteisiin ja toiminta tapahtuu näiden välille syntyneen verkoston puitteissa.
Urheiluakatemiaa hallinnoi erikseen nimettävä johtoryhmä, joka
koostuu lajiliittojen (6 edustajaa), toisen asteen oppilaitosten (6 edustajaa),
korkean asteen oppilaitosten (7 edustajaa), kaupunkien (3 edustajaa), urheilijoiden
(3 edustajaa) ja tukipalveluiden (1 edustaja) edustajista sekä yhdestä asiantuntijajäsenestä.
Lisäksi johtoryhmään kuuluvat Urhean toiminnanjohtaja sekä huippu-urheilukoordinaattori.
Toiminnanjohtaja toimii kokouksissa esittelijänä sekä sihteerinä.
Johtoryhmä valitsee keskuudestaan puheenjohtajan, kaksi varapuheenjohtajaa
sekä työvaliokunnan. Johtoryhmän toimikausi on yksi vuosi.
Suomen Olympiakomitea on osoittanut rahaa toiminnan koordinointiin. Verkostossa
mukana olevat tahot vastaavat kukin osaltaan toiminnasta syntyvistä kuluista.
Lajien harjoittelukeskukset ja muut valmennuskeskittymät toimivat osana
Urheaa. Niillä on oma hallintonsa ja taloudenpitonsa, joiden rakenteesta
päättää keskittymää hallinnoiva taho, tavallisimmin
lajiliitto tai paikallinen seura.